Doctorant : Léopold Beeker
Titre : Associations entre alimentation et microbiote intestinal en lien avec la surcharge pondérale de l’hôte – approche épidémiologique dans la cohorte NutriNet-Santé
Encadrantes : Dr Mélanie Deschasaux-Tanguy, Dr Mathilde Touvier
Ecole doctorale : ED Galilée
Promotion : 2024
Financement : Université Sorbonne Paris Nord
Résumé de la thèse :
Ces dernières années, le microbiote a fait l’objet d’une attention croissante de la part de la communauté scientifique et du public, comme un élément majeur de la santé humaine. Des altérations du microbiote intestinal ont été en effet été retrouvées dans différents contextes pathologiques, notamment l’obésité. L'alimentation constitue un déterminant majeur de la composition du microbiote intestinal. L’environnement alimentaire a connu des modifications importantes au cours des dernières décennies avec l’émergence de profils alimentaires « occidentaux » caractérisés sur le plan nutritionnel par un appauvrissement en fibres et un enrichissement en sucres, acides gras saturés ou protéines d’origine animale, mais aussi par une large proportion d’aliments « ultra-transformés ».
Chez l’humain, la plupart des études visant à étudier l’alimentation en lien avec le microbiote intestinal ont été conduites dans de petits échantillons. Plus récemment, des études à grande échelle ont émergé (n=1000 à 8000), mais ces études sont limitées dans le niveau de détail des données alimentaires. De même, les additifs alimentaires sont suspectés de contribuer aux effets santé observés des aliments « ultra-transformés » du fait de résultats préoccupants d'études expérimentales impliquant plusieurs types d'additifs (ex : émulsifiants, édulcorants) et des altérations du microbiote intestinal. Toutefois, il n’existe pas de données en population générale.
L’objectif de ce travail de thèse consistera donc à étudier les associations entre alimentation et microbiote intestinal dans un contexte de surpoids et d’obésité. Spécifiquement, le projet s’attachera à :
1) étudier les associations entre les profils de microbiote intestinal et l’alimentation (apports détaillés en fibres alimentaires et exposition aux additifs alimentaires, notamment édulcorants, émulsifiants et mélanges)
2) étudier les associations entre profils de microbiote intestinal associés à l’alimentation et surcharge pondérale : prévalence (transversal) et incidence (prospectif) de surpoids et d’obésité, et variations de poids (prospectif) ; études d’interaction et de médiation.
Le travail de thèse reposera sur la cohorte NutriNet-Santé, coordonnée par l’EREN. Lancée en 2009, cette web-cohorte française inclut plus de 177 000 participants. Des méthodes statistiques adaptées à l’étude du microbiote intestinal seront mises en œuvre et notamment des méthodes de réduction de dimension (ex : PCA, PCoA, PLS) ou d’apprentissage automatique (ex : forêts aléatoires).
